109 - Science, dépistage et pandémie : le choc des idées

14 mars 2020. Le laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) procède à une délocalisation du protocole développé et validé par eux vers quelques laboratoires du réseau. Le 19 mars, des premiers résultats de détection du SRAS CoV-2 étaient émis au laboratoire de l'Hôpital Maisonneuve-Rosemont.  S'en sont suivi, grâce au soutien du MSSS, la réception de plateformes commerciales qui ont permis d'accroître la capacité de volumétrie et de réduire les temps-réponse.

Aménagement de locaux, validations, vérifications, optimisation de protocoles et processus, gestion de rupture de marchandises ou de bris d'équipement: cette présentation permettra d'illustrer l'aventure des tests PCR et sera l'occasion de rendre hommage aux technologistes et spécialistes moléculaires pour leur dévouement, leur courage et leur résilience.

De nombreux tests rapides ont été autorisés par Santé Canada, et les validations techniques et cliniques réalisées ont démontrés que leur performance peut être inférieure à celle rapportée par les compagnies et au seuil fixé par l’OMS.

Plusieurs facteurs doivent être considérés notamment les méthodes de prélèvement, les populations ciblées, la formation et qualification du personnel et la fréquence des tests. L’arrivée de nouveaux variants et les différences entre les vagues successives peuvent également impacter la performance des tests rapides. Les validations techniques et cliniques permettent d’identifier les limites et avantages d’un test afin d’encadrer son utilisation, cibler les populations ainsi que les besoins de confirmations par une méthode de référence.

En plus de l’élaboration et la réalisation de nouvelles épreuves diagnostiques, le LSPQ a soutenu le réseau dans le déploiement d’analyses localement et dans l’interprétation des résultats. Devant cette maladie émergente et face à une pénurie mondiale de matériel de prélèvement, plusieurs éléments concernant le volet préanalytique des analyses ont dû être pris en charge par ce laboratoire de référence, et des solutions innovantes ont été mises de l’avant pour répondre à la demande en tests. La vigie des variants via le séquençage du génome entier, qui a permis certaines prises de décisions populationnelles a aussi requis des efforts considérables de la part de plusieurs acteurs du réseau de la santé publique.

Depuis le début de la pandémie liée à la COVID-19, les réponses rapides de l’INESSS fournissent aux décideurs les principaux constats selon les meilleures données disponibles, et ce, dans un court laps de temps. Le concept même de réponse rapide commande certains compromis méthodologiques qui influent sur la rigueur du processus et la justesse des conclusions qui s’en découlent. C’est dans ce contexte qu’au cours des deux dernières années, l’INESSS a développé et graduellement peaufiné une méthodologie d’évaluation adaptée à l’incertitude des données et aux impératifs liés à l’urgence sanitaire, en accord avec les meilleures pratiques dans le domaine.

Cette présentation vise à récapituler les diverses étapes de production d’une réponse rapide dont la revue de la littérature scientifique, mais également la collecte des savoirs contextuels et expérientiels des parties prenantes concernées. Une attention particulière sera accordée aux divers travaux menés par l’Unité de biologie médicale de l’INESSS. Les interactions avec les décideurs et les divers comités ministériels mis en place ont largement contribué à cerner les besoins et rapidement mobiliser les savoirs, notamment ceux sur les indications et les critères d’accès aux tests de détection moléculaire du SARS-CoV-2 et ceux sur la pertinence clinique des tests sérologiques de COVID-19.

Introduction : Début 2020, l’arrivée de la COVID-19 a mis en évidence de nombreux enjeux pour la collecte, l’intégration et l’analyse des données provenant des laboratoires de biologie médicale (LBM) du réseau de la santé du Québec. Aucun système intégré n’était en place pour collecter les données et permettre des analyses épidémiologiques et soutenir les décisions de santé publique.

Objectif : Expliquer les enjeux rencontrés et les solutions déployées afin d’obtenir une base de données provenant des LBM exploitable en temps réel pour les besoins de la vigie sanitaire des cas de COVID-19.

Nous exposerons l’historique du déploiement de solutions technologiques pour intégrer les données dépistage et de criblage provenant des 108 LBM du réseau de la santé du Québec. À l’aide de nombreux partenariats, nous avons implanté rapidement la collecte des données tout en tenant compte des enjeux scientifiques, humains, logistiques et technologiques auxquels nous faisions régulièrement face.

Conclusion : L’implantation et la gestion de la collecte des données de dépistages et de criblages pour la COVID-19 a présenté de nombreux défis. Les solutions déployées au fil de la pandémie ont permis d’assurer un suivi des données au prix de nombreux efforts. Ces travaux ont mis en lumière la nécessité d’un système d’information des laboratoires intégré qui facilitera la vigie sanitaire en temps réel lors d’une prochaine pandémie.

En raison d'une demande de tests d'amplification des acides nucléiques pour la détection du SRAS-CoV-2 qui dépassait les capacités des laboratoires du Québec, le Québec a dû développer des systèmes de priorisation dans l'accès aux tests. En juin 2020, une requête basée sur des indications cliniques précises a été produite. Outre la priorisation des tests, cette requête clinique permet aussi de colliger certains indicateurs épidémiologiques associés à la transmission dans des milieux à risque. Une révision de cette requête s’est avérée nécessaire compte tenu de l’amélioration des connaissances scientifiques, de l’accessibilité aux tests antigéniques rapides et de l’évolution favorable situation épidémiologie suivant l’implantation de programmes de vaccination. Le Québec s'est ainsi doté d'un système de vigie sensible pour traduire certaines tendances dans la transmission dans la communauté et dans les milieux de vie et de soins.

La présentation présentera la structure et le contenu de la requête ainsi que les données qu'elle a permis de générer en termes de surveillance et de vigie. Une analyse de certaines tendances sera offerte. Les leçons apprises de l'implantation et de l'évolution de ce système seront aussi partagées.

Le Groupe Scientifique sur l’Eau de l’Institut national de santé publique du Québec a effectué une revue systématisée de la littérature visant à résumer les données scientifiques sur l’utilité et les conditions de faisabilité de la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. La recherche documentaire a été menée dans trois bases de données entre le 17 novembre 2019 et le 2 février 2021. L’emphase de la recherche a été mise sur l’étude du lien quantitatif entre les données environnementales du SRAS-CoV-2 et les données épidémiologiques. 11 études écologiques et 1 étude de modélisation ont été retenues selon des critères d’inclusion et d’exclusion prédéterminés. L’analyse des études a démontré que la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées peut être utile pour décrire l’évolution des tendances du virus dans population. Cette surveillance pourrait fournir des signaux précoces de la présence de la maladie dans une population et servir d’outil de vigie particulièrement lors d’une augmentation rapide des cas. Un avantage de cette surveillance est d’apporter un signal indépendant de la circulation du virus non influencé par les activités de dépistage clinique. Concernant ses limites, il est noté que davantage d’études et d’expériences sont nécessaires pour soutenir sa mise en œuvre, mais que ce domaine évolue rapidement. Enfin, cette surveillance peut présenter un intérêt en santé publique en aidant à détecter et suivre la circulation d’une maladie dans la population.

L’analyse des eaux usées est une façon simple et peu coûteuse de prendre le pouls de la pandémie de COVID-19 dans une population, le tout avec une grande précision. Quelques personnes sur 100 000 infectées permette de déceler la présence du virus dans un litre d’eau.

Grâce à un soutien financier du Fond de Recherche du Québec (FRQ) et aux Fondations Molson et Trottier, le projet pilote CentrEau-COVID (https://centreau.org/covid/) a été mis en place en janvier 2021 pour développer un système de vigie et d’alerte précoce du virus SARS-CoV-2 par l’analyse des eaux usées dans cinq régions du Québec.

Le projet a permis la mise au point des protocoles d’échantillonnage et des protocoles biomoléculaires de base pour la détection et la quantification de la charge virale dans les eaux usées. Un modèle de base de données dédié à la surveillance pars les eaux usées a été conçu pour mieux servir les différents usages des données récoltées. 

L’approche s'est avérée très utile avec une excellente corrélation entre les données des eaux usées et les données de la santé publique. Les données ont montré à plusieurs reprises leur utilité pour l'alerte précoce au début d'une nouvelle vague. L'approche peut également fonctionner à un niveau plus local, par exemple pour les établissements de soins pour personnes âgées, les abris communautaires, les campus universitaires et les prisons. Des approches de modélisation ont été développées pour mieux comprendre l'incertitude liée au signal viral.