Stabilisation de l’ADN extrait de fèces de porcs pour l’analyse du microbiome

Plusieurs études ont été publiées sur le microbiome du porc. Malheureusement, peu de protocoles standardisés ont été établis et de nombreux biais peuvent être induits par la méthodologie utilisée pour collecter les fèces. En plus d’évaluer l’efficacité d’un stabilisateur commercial (PERFORMAbiome•GUT | PB-200, DNA Genotek, Ottawa, ON) pour la collecte de fèces, des échantillons ont été recueillis et stabilisés selon différents protocoles. L’ADN complet extrait de ces échantillons a ensuite été séquencé à haut-débit par Illumina. Les analyses taxonomiques ont montré que les méthodes de préservation avaient moins d’impact que le fait d’utiliser plusieurs porcs. Toutefois, les échantillons non stabilisés ont une composition taxonomique différente de celle des échantillons stabilisés. Des analyses sur la catégorisation des gènes ont également permis d’établir que de stabiliser ou non les échantillons influence fortement les analyses fonctionnelles. De plus, l’ADN était significativement plus dégradé pour les échantillons qui n’avaient pas été stabilisés que pour ceux stabilisés directement après la collecte. En plus de démontrer l’efficacité du produit étudié, la présente étude propose des solutions afin de stabiliser l’ADN d’échantillons déjà prélevés.