Analyse et modélisation des données métagénomiques en écologie microbienne

L'exploitation des sables bitumineux est associée à une importante production d'acide naphténique (AN), qui est un produit nocif pour l’environnement. En effet, la présence de l’AN provenant de la biodégradation du pétrole, altère la qualité de l'eau et engendre une modification importante des écosystèmes aquatiques. Ainsi, il est primordial de trouver des solutions pour réduire son impact néfaste sur l’environnement. Dans notre présentation, nous faisons part des résultats des analyses de données métagénomiques de plusieurs millions de gènes provenant des sables bitumineux afin d’évaluer le pouvoir protecteur des plantes CAREX aquatilis à réduire le taux d’AN dans l’eau. Les données génomiques présentent à la fois une variabilité plus importante que la moyenne avec une forte présence de zéro. L’étude des liens entre la concentration d’acide naphténique et les données métagénomiques est rarement mise avant, mais prometteuse pour comprendre les mécanismes moléculaires. Nous présenterons explicitement les détails de l’expérience de cette étude et les défis associés à l’analyse de ces données volumineuses en passant par les méthodes d'apprentissage machine. Ensuite nous présenterons nos résultats finaux de la première étape et nous discuterons des prochaines étapes.