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Du mercredi 14 au jeudi 15 mai 2014

Ce colloque est centré sur le développement de méthodes théoriques et numériques ainsi que leur application à la résolution de problèmes complexes en chimie et en biochimie.

Les approches impliquées dans ces efforts de modélisation sont basées sur la compréhension détaillée des interactions moléculaires. Diverses méthodes sont mises en œuvre selon l’échelle spatiale des interactions considérées. Cette échelle varie selon les domaines d’application. Alors que des méthodes de mécanique et de dynamique quantique sont utilisées pour étudier les propriétés de petites molécules et leur réactivité, des approximations classiques sont nécessaires pour l’étude atomistique de systèmes macromoléculaires ou d’assemblages moléculaires tels que les protéines, micelles, membranes biologiques et matériaux divers. Il est à noter que le prix Nobel de chimie 2013 a récompensé le développement de méthodes dites « à échelle multiple » permettant de combiner différents degrés de résolution pour résoudre des problèmes complexes.

Grâce à l’essor des capacités de calcul, ces diverses approches théoriques et leur implémentation numérique sont devenues des outils de choix pour élucider un nombre croissant de problèmes divers allant des matériaux de pointe au développement de médicaments pour les maladies infectieuses et neurodégénératives, en passant par les réactions chimiques, en chimie organique par exemple, et la catalyse enzymatique ou chimique.

Le but de ce colloque s’inscrit résolument dans la logique multidisciplinaire de la modélisation (bio)moléculaire et vise à mettre en présence étudiants et chercheurs issus de disciplines combinant sciences informatiques, mathématiques, physique, chimie, biochimie et biologie, qui utilisent des supercalculateurs et des modèles issus de la physique moléculaire pour l’étude des problèmes les plus variés. Les intervenants invités sont à la pointe du développement de nouvelles méthodes de simulation et des efforts pour élargir leur domaine d'application.

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Colloque

Section 200 - Sciences naturelles, mathématiques et génie

Responsables

  • Gilles Peslherbe
    Université Concordia
  • Régis Pomès
    The Hospital for Sick Children
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Avant-midi

08 h 40 à 10 h 30
Communication orale
Communications orales
Structure et interactions des protéines, session 1
Présidence/Animation : Guillaume Lamoureux (Université Concordia)
08 h 40
Mot de bienvenue
08 h 45
Champs de forces atomiques et gros grains d'ARN et protéines : des molécules uniques, systèmes de grande taille à la formation des fibres amyloides (maladie d'Alzheimer).
Philippe Derreumaux
Résumé
09 h 20
Dynamique d'un modèle de protéine immergée dans un solvant implicite
Jeremy Schofield (University of Toronto), Ramses VAN ZON (University of Toronto), Hanif BAYAT (University of Toronto)
Résumé
09 h 55
Propriétés statistiques de la distribution des multiplets d'acides aminés dans les protéines
, Chunhang GONG (Université Laurentienne)
Résumé
10 h 30
Pause
11 h 00 à 12 h 10
Communication orale
Communications orales
Propriétés électroniques et moléculaires, session 1
Présidence/Animation : Armand Soldera (UdeS - Université de Sherbrooke)
11 h 00
Développements de la méthode Density Functional Tight Binding pour la simulation moléculaire
Jerome Cuny (Université Paul Sabatier - Toulouse III), Fernand Spiegelman (Université de Toulouse), Anthony SCEMAMA (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Mathias RAPACIOLI (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Aude SIMON (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Léo DONTOT (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Luis LOPES OLIVEIRA (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Christophe IFTNER (CNRS - Universié de Toulouse (UPS)), Kseniia KORCHAGINA (CNRS - Universié de Toulouse (UPS))
Résumé
11 h 35
Dynamique moléculaire quantique de systèmes complexes
Pierre-Nicholas Roy (University of Waterloo)
Résumé
12 h 10
Dîner

Après-midi

13 h 50 à 15 h 35
Communication orale
Communications orales
Modélisation de systèmes à grande échelle 
Présidence/Animation : Alain Rochefort (Polytechnique Montréal)
13 h 50
Ajustement par moindres carrés d'une fonction générique à des surfaces de potentiel à plusieurs dimensions
René Fournier (York University), Slava OREL (York University)
Résumé
14 h 25
Nouvelles perspectives dans la compréhension de phases liquides cristallines
Armand Soldera (UdeS - Université de Sherbrooke), François Porzio (UdeS - Université de Sherbrooke), Etienne Levert (UdeS - Université de Sherbrooke)
Résumé
15 h 00
Modélisation multiéchelle de réactions chimiques dans des milieux complexes
Dennis Salahub (University of Calgary)
Résumé
15 h 35 à 16 h 20
Communication par affiche
Communications par affiches
Session d'affiches
Présidence/Animation : Gilles Peslherbe (Université Concordia)
1
Fonctionnalisation de verres moléculaires : les effets sur la température de transition vitreuse
Guillaume De Grandpre (UdeS - Université de Sherbrooke), Christian PELLERIN (UdeM - Université de Montréal), Olivier LEBEL (Collège militaire royal du Canada), Armand Soldera (UdeS - Université de Sherbrooke)
Résumé
2
Quelle est la température de transition vitreuse du polynorbornène vinylique?
François Godey (UdeS - Université de Sherbrooke), Armand Soldera (UdeS - Université de Sherbrooke), Jérôme Claverie (UQAM - Université du Québec à Montréal)
Résumé
3
Une étude de la complexation de l'oxazaborolidine chiral et du borane avec des cétones prochirales par la chimie quantique
Philippe Archambault (Université Concordia), Heidi MUCHALL (Université Concordia)
Résumé
4
Transition du discret vers le continu : la clé serait-elle au niveau mésoscopique?
Etienne Levert (UdeS - Université de Sherbrooke), Armand Soldera (UdeS - Université de Sherbrooke), Serge LACELLE (UdeS - Université de Sherbrooke)
Résumé
5
Validation des prédictions de la théorie de la fonctionnelle de la densité concernant le caractère semi-métallique des nanoparticules de carbone par méthodes multiréférences
Gilles Peslherbe (Université Concordia), Oleksiy KHAVRYUCHENKO (Université Nationale Taras Shevchenko de Kiev)
Résumé
6
Mécanisme de conduction ionique sélective dans les canaux sodiques bactériens NaVAb
Régis Pomès (The Hospital for Sick Children), Chris ING (University of Toronto), Nilu CHAKRABARTI (University of Toronto)
Résumé
16 h 20 à 17 h 30
Communication orale
Communications orales
Phénomènes de surface
Présidence/Animation : René Fournier (York University)
16 h 20
Dynamique d'abstraction de l'hydrogène de surfaces de tungstène
Pascal Larregaray (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Rémi PETUYA (Université de Bordeaux), Cédric CRESPOS (Université de Bordeaux), Heriberto Fabio BUSNENGO (CONICET / UNR), Alejandra GONZALEZ (CONICET /UNR)
Résumé
16 h 55
Simulations d'images STM intrusives et dynamiques
Alain Rochefort (Polytechnique Montréal), Marc-André DUBOIS (École Polytechnique de Montréal), Xavier BOUJU (CNRS - Centre national de la recherche scientifique)
Résumé
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Avant-midi

09 h 00 à 10 h 45
Communication orale
Communications orales
Structure et interactions des protéines, session 2
Présidence/Animation : Régis Pomès (The Hospital for Sick Children)
09 h 00
Développement de modèles semi-empiriques pour la simulation de réactions de transfert de protons
Guillaume Lamoureux (Université Concordia), Shihao WANG (Université Concordia), Laurent MACKAY (Université Concordia)
Résumé
09 h 35
Caractérisation in silico des interactions entre le récepteur de l'élastine et différents constituants de la matrice extracellulaire
Stephanie Baud (Université de Reims Champagne-Ardenne), Nicolas BELLOY (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Sébastien BLAISE (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Laurent DUCA (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Pascal MAURICE (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Laurent DEBELLE (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Laurent MARTINY (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Manuel DAUCHEZ (CNRS - Centre national de la recherche scientifique)
Résumé
10 h 10
Prédire l'hydratation de systèmes protéines-ligands
Jean-François Truchon (Vertex Pharmaceutiques (Canada) Inc.), Oleg BORBULEVYCH (QuantumBio Inc), Lance WESTERHOFF (QuantumBio Inc), Paul LABUTE (Chemical Computing Group Inc)
Résumé
10 h 45
Pause
11 h 15 à 12 h 25
Communication orale
Communications orales
Propriétés électroniques et moléculaires, session 2
Présidence/Animation : Dennis Salahub (University of Calgary)
11 h 15
Interrupteur lumineux et autres propriétés photophysiques : influence de l'ADN
Xavier Assfeld (UL - Université de Lorraine)
Résumé
11 h 50
Une théorie simple pour le calcul de la conductance à l'échelle moléculaire
Matthias Ernzerhof (UdeM - Université de Montréal)
Résumé
12 h 25
Dîner

Après-midi

14 h 10 à 15 h 20
Communication orale
Communications orales
Réactions chimiques 
Présidence/Animation : Nicolas Moitessier (Université McGill)
14 h 10
Vers une meilleure compréhension de la formation de molécules organiques dans le milieu interstellaire
Céline Toubin (Université Lille), Denis DUFLOT (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Maurice MONNERVILLE (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Stéphane BRIQUEZ (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Brigitte POUILLY (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Phillip PETERS (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Cecilia CECCARELLI (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Claudine KAHANE (CNRS - Centre national de la recherche scientifique), Laurent WIESENFEL (CNRS - Centre national de la recherche scientifique)
Résumé
14 h 45
Une étude comparative des mécanismes de dissociation de différents acides organiques: phénols, acides carboxyliques et les sels d'anilinium
Radu Iftimie (UdeM - Université de Montréal), Sebastien HETU (UdeM - Université de Montréal), Thomas VIBIN (UdeM - Université de Montréal)
Résumé
15 h 20
Pause
15 h 35 à 16 h 45
Communication orale
Communications orales
Applications pharmaceutiques 
Présidence/Animation : Jean-François Truchon (Vertex Pharmaceutiques (Canada) Inc.)
15 h 35
Génération d'une série de liants pour la détection de marqueurs tumoraux : peptides spécifiques pour la reconnaissance de l'endonucléase ERCC1-XPF
Elisa Fadda (NUI Maynooth - National University of Ireland Maynooth)
Résumé
16 h 10
Nouveaux logiciels pour la découverte de médicaments : développement et application à la préparation d'inhibiteurs d'enzymes
Nicolas Moitessier (Université McGill), Eric THERRIEN (Université McGill), Stephane DE CESCO (Université McGill), Sylvain Rocheleau (Université McGill), Josh Pottel (Université McGill)
Résumé
16 h 45
Mot de clôture
17 h 30 à 18 h 30
Panel
Panel / Atelier
La (bio)chimie numérique, succès et enjeux - Événement ouvert au public!
Présidence/Animation : Gilles Peslherbe (Université Concordia)
Participant·e·s : Nicolas Moitessier (Université McGill), Régis Pomès (The Hospital for Sick Children), Dennis Salahub (University of Calgary)
18 h 30 à 20 h 00
Cocktail
Cocktail
Réception  - La (bio)chimie numérique, succès et enjeux