222 - Productions animales durables : contrôle des pathogènes zoonotiques d’origine alimentaire par une meilleure utilisation des agents antimicrobiens et de leurs alternatives

En cette ère où les productions animales se veulent de plus en plus durables et où le contrôle des agents pathogènes repose de moins en moins sur l'usage des antibiotiques, il est crucial de redoubler d'efforts pour la surveillance et le contrôle des pathogènes zoonotiques d'origine alimentaires. Les technologies modernes telles que la biologie moléculaire sont des outils précieux pour étudier ces agents zoonotiques en permettant leur détection, mais aussi l'étude de leur persistance, de leur transmission et de l'efficacité des stratégies de contrôle innovantes.

Salmonella est un pathogène zoonotique asymptomatique chez le porc. Ce pathogène peut être transmis à l'humain en consommant des produits de viande contaminés et causer des gastroentérites. Cette étude avait pour but de déterminer l'efficacité d'un nouveau probiotique contre Salmonella. Les essais ont été réalisés dans un bioréacteur contenant un microbiote intestinal dérivé du porc. Pour ce faire, un inoculum de fèces de porcelets sevrés a été déposé dans le réacteur mère et alimenté durant 24h avec une digestion in vitro de moulée pour porcelet. Après ce remplissage, le réacteur mère fut séparé dans 5 autres réacteurs (R1-R6). Après 48h, un inoculum de 10⁶ CFU/ml de Salmonella Typhimurium a été ajouté aux 6 réacteurs. Les réacteurs R1 et R2 ont servi de contrôles. Les conditions testées en duplicata sont: A) ajout, en une seule inoculation quotidienne, de 10⁹ CFU de produit à T48, à T72 et à T96 (R3 et R4) et B) ajout de 10⁸ CFU/ml dans le milieu d’alimentation en continue de T48 à T72 (R5 et R6).  À T0, T24, T48, T72, T96 et T120, des échantillons ont été utilisé pour énumérer Salmonella, les bactéries totales, Clostridium et E. coli. Les résultats montrent une diminution significative des bactéries totales et de Salmonella à T72 et T96 pour les deux modes d’application du probiotique. Cette étude montre un certain potentiel du probiotique pour le contrôle de Salmonella chez le porc. L’étude de l’impact du probiotique sur le microbiote des réacteurs est en cours.

Introduction :
E. coli est une bactérie Gram négative responsable de maladies graves chez les humains et les animaux. Elle a aussi
contribué de façon significative à la propagation de la résistance aux antibiotiques. Dans ce travail, nous avons isolé
et identifié plusieurs isolats d'E. coli à partir d’élevage aviaires de Tunisie. Ces isolats ont été caractérisés sur le plan
phénotypique et moléculaire en déterminant leur profil de résistance aux antibiotiques, leurs virulomes, résistomes
ainsi que les gènes associés à biosynthèse des bactériocines et d’autres protéines antimicrobiennes.
Methodologie :
Plusieurs isolats aviaires d’E. coli ont été isolés sur milieu McConkey à partir de contenu caecal de poulet de chair de
fermes avicoles en Tunisie. 39 isolats ont été retenus, leur ADN total a été extrait et séquencé. La phylogénie ainsi
que le phylogroupe, le sérotype et le type de séquence (ST) ont été déterminés. Un criblage in silico a été effectué
pour détecter les groupes de gènes associés à la biosynthèse des bactériocines, à la résistance aux antibiotiques et
à la virulence en utilisant des bases de données spécialisées (ANTISMASH[1], CARD[2] et VFDB[3] respectivement).
Résultats :
Nos analyses ont montré que les 39 isolats d'E. coli ont montré une grande diversité en termes de caractéristiques
phénotypiques et moléculaires. Les 39 isolats appartiennent à cinq phylogroupes distincts (A, B1, B2, D et F), à 22
sérotypes et à 19 ST. Un taux de 79,4 % étaient résistants à au moins trois antibiotiques, 69,2 % étaient résistants à
cinq antibiotiques ou plus, tandis que 38,4 % étaient résistants à huit antibiotiques ou plus. Les gènes de virulence
iroN, ompT, hlyF, iutA et iss ont été détectés chez 17/39 souches et ont été assignées au pathotype aviaire APEC. Les
déterminants génétiques de la colicine V ont été détectés chez 17 isolats, tandis que MccJ25 a été détectée chez
cinq isolats et MccC7 chez deux isolats.
Conclusion :
Cette étude a permis de confirmer la prévalence élevée d’E. coli pathogènes multirésistants aux antibiotiques en
production aviaire. Elle a aussi démontré la grande diversité chez ces souches en termes de caractéristiques
phylogénétiques, de résistance aux antibiotiques et de pathogénicité. Finalement, nous avons démontré la présence
importante de gènes codant pour des composés antimicrobiens notamment les bactériocines. Cependant, les liens
entre la production de ces bactériocines et le pouvoir pathogène d’ E. coli restent à déterminer.

Problématique : Les salmonelloses ont été reconnues comme une cause majeure de gastro-entérites alimentaires chez les humains au Québec et au Canada. Toutefois, aucune étude n’a caractérisé la prévalence de cette bactérie dans les cheptels ovins du Québec, bien que la consommation de la viande ovine soit classée 4^ème au Québec et cette province détient le 2^ème plus grand cheptel ovin canadien.

Objectifs : Cette étude vise à estimer, pour la première fois, la prévalence des troupeaux ovins porteurs de Salmonella au Québec et à identifier les sérotypes prédominants chez ces animaux.

Méthodologie : L’échantillonnage dans la présente étude a ciblé 61 fermes ovines du Québec. En effet, un pool de matière fécale de 10 animaux a été prélevé par ferme. Des dilutions ont été effectuées pour l’ensemencement de ces échantillons sur des milieux sélectifs afin d’isoler Salmonella spp. L’identification de Salmonella a été ensuite confirmée par des tests biochimiques et les sous-espèces ont été identifiées par PCR multiplex ciblant 6 gènes (flijB, mdcA, gatD, Stn, STM4057, invA).

Résultats:  Notre étude a démontré que 83,6% des troupeaux ovins du Québec sont porteurs de Salmonella, avec S. diarizonae était la sous-espèce la prédominante. Cette dernière peut causer des infections intestinales et extra-intestinales chez les humains et chez les ovins.

Les résultats de ce projet permettront d’évaluer l’importance de Salmonella en santé ovine et publique dans une perspective d’Une seule santé.

Campylobacter jejuni (C. jejuni) est l'une des causes les plus courantes d'infections bactériennes d'origine alimentaire. Les humains sont principalement exposés à l'agent pathogène par la consommation de viande ou de foie de poulet contaminé et insuffisamment cuit. Chez les poulets, C. jejuni utilise les acides aminés au niveau intestinal comme source d'énergie et de nutriment, ce qui en fait une voie prometteuse pour réduire sa colonisation. Par conséquent, le but de cette étude était d’étudier l’impact du contenu protéique de la moulée, et en particulier les acides aminés libérés par une protéase, sur la colonisation des poulets de chair par C. jejuni et le microbiote intestinale. Tout au long de l’étude, des poulets ont été nourris avec une moulée à base de protéines animales ou à base de protéines végétales ; et supplémentée ou non par une protéase. De plus, les poulets ont été inoculés par C. jejuni à 14 jours d’âge. À la fin de l’expérimentation, nos résultats montrent que l’addition de la protéase à la moulée végétale a permis de diminuer la charge intestinale de C. jejuni et de diminuer la dissémination extra-intestinale du pathogène vers le foie. Par ailleurs, l’addition de la protéase à la moulée végétale a diminué la diversité alpha et modifié la diversité beta du microbiote caecale. L’usage d’une protéase semble donc être une piste prometteuse pour réduire la conisation des poulets par C. jejuni et devrait faire l’objet de recherches approfondies.

Propomiel (miel+propolis) pourrait constituer une alternative comme traitement de l’endométrite bovine en raison de ses qualités antibactériennes. L’objectif de la présente étude était l'évaluation in vitro de l'effet antimicrobien du Propomiel contre les bactéries impliquées dans l'endométrite. Les produits testés furent; Miel, Propolis, Propomiel2% et Propomiel5%. Les bactéries testées furent; Salmonella, E. coli, S. aureus, S. agalactiae et T. pyogenes. L'étude a été divisée en; expérience1: Évaluer l'effet inhibiteur contre les bactéries et expérience2: calculer le temps minimal de contact nécessaire pour inhiber ces mêmes bactéries. Expérience1: les produits ont été déposés sur un disque stérile déposé sur une gélose Mueller-Hinton (MH) ensemencée d’un tapis bactérien formé des bactéries à tester. Expérience2: McFarland 0.5 de chaque bactérie Gram+ a été mis en contact avec 1ml de produit dans un volume total de 10ml de MH. Les tubes ont été incubés à 37°C. Après différents temps d’incubation (0’, 10’, 30’, 1h, 3h, 6h, 9h et 24h), 100 ml de chaque condition ont été ensemencés la croissance des bactéries a été vérifiée. Les résultats du diamètre d'inhibition des Gram- étaient faibles comparativement aux Gram+. Miel a présenté une croissance de bactéries pour chaque condition évaluée. Propolis a inhibé la croissance des bactéries après 10 minutes de contact, Propomiel 2% et 5% ont inhibé la croissance bactérienne à partir de 9h et 6h respectivement. En conclusion, Propomiel à un plus grand effet sur les Gram+. Le temps d’action général du Propomiel est autour de 9h. Le miel seul n’est pas efficace.

Les producteurs d’œuf du Québec ont implanté un programme de surveillance des antimicrobiens dans les œufs et la moulée des poules pondeuses afin d’assurer un produit de qualité exempt de résidus d’antibiotiques. Cette surveillance s’effectue par un échantillonnage de 4 œufs et un échantillon de moulée, prélevés en début et à la fin de chaque cycle de ponte. L’objectif de la présente étude était de présenter les résultats de cette surveillance sur une période de 9 ans, soit de 2014 à 2022. Les œufs ont été analysés à l’aide du Premi®Test. Les moulées ont été analysées à l’aide du Swab Test On Premise (STOP test). Au fil des années, une augmentation a été observée quant au nombre de tests effectués, soit de 1781 en 2014 à 2927 en 2022 pour les œufs et de 456 en 2014 à 600 en 2022 pour la moulée. En 2021, un taux de positivité des œufs de 1,37% a été constaté par comparaison à 0% en 2020. Le plus grand taux de positivité des moulées (10,7%) a été observé en 2014, comparément au taux le plus faible de 0,78% en 2021. Une moyenne de 5,4 fermes par année se retrouvaient avec au moins un œuf positif à la présence d’un résidu d’antimicrobien, tandis que 22,5 fermes ont présenté une moulée positive pour la présence de résidus d’antimicrobiens. Cette surveillance permet ainsi de prévenir la présence d’œufs contaminés par des résidus d’antibiotiques dans l’assiette du consommateur. Il est primordial de continuer cette surveillance dans une perspective d’innocuité alimentaire.

Introduction: L'entérite nécrotique aviaire est une maladie entérique des poulets de chair causée par de souches pathogènes de Clostridium perfringens. En utilisant une approche par vaccinologie inverse comparative et soustractive sur seize souches de C. perfringens, nous avons identifié quatorze protéines uniques à six souches de C. perfringens causant l’EN et absentes des dix souches commensales de cette même collection.

Objectifs: Les objectifs de la présente étude étaient de (i) valider les résultats de cette étude in silico (ii) produire des protéines recombinantes et évaluer la capacité de ces protéines recombinantes à initier une réponse immunitaire chez les oiseaux immunisés.

Résultat: Sur la base des résultats de PCR et de séquençage, cinq protéines candidates uniques aux souches pathogènes de C. perfringens ont été clonées et produites, soit les protéines P153, P264, P509, P537 et P561. Les résultats ELISA évaluant les niveaux d'anticorps IgY ont montré des différences significatives dans la réponse anticorps sérique (p <0,001) après deux immunisations pour l’ensemble des protéines, bien qu’une troisième immunisation ait été associée à une augmentation significative des traux d’anticorps pour les oiseaux immunisés avec les protéines P264, P509 et P561. Les titres moyens d'IgY les plus élevés ont été documentés chez les oiseaux des groupes P509 (8.28E+04 et 2.41E+05) et P537 (5.08E+05 et 9.11E+05) aux jours 21 et 35, respectivement.

INTRODUCTION
L'entérite nécrotique (EN) causée par Clostridium perfringens est l'une des maladies les plus communes de la volaille et entraîne une perte économique énorme pour l'industrie avicole. Pour une meilleure compréhension de cet agent pathogène, des études impliquant la détection des mécanismes de résistance aux antimicrobiens ainsi que la pathogénicité sont nécessaires, ainsi que d'autres caractérisations comme la capacité à produire des bactériocines qui inhibent la prolifération des bactéries commensales dans le tractus intestinal de la volaille, permettant à cet agent pathogène de s'établir et de proliférer. L'objectif de cette étude était de caractériser par séquençage du génome entier (WGS) une collection d'isolats de C. perfringens provenant de volailles affectées par le NE en mettant l'accent sur la production de composés antimicrobiens, la détection des mécanismes de résistance aux antimicrobiens et la pathogénicité.
MÉTHODOLOGIE
A cette fin, une collection de 20 souches de C. perfringens a été envoyée à WGS avec la technique illumina et analysée avec plusieurs outils bioinformatiques. Le phénotype de résistance antimicrobienne a été étudié par microtitration et la production de composés antimicrobiens a été étudiée par diffusion en puits d'agar.
RESULTATS
Des gènes de résistance antimicrobienne ont été trouvés dans 16 échantillons, les gènes tet, liés à la résistance à la tétracycline, étant les plus fréquents. Il est intéressant de noter que deux isolats portaient le gène erm(T) pour la résistance aux macrolides, ce qui a été détecté pour la première fois chez C. perfringens. Ainsi, les mutations sur le gène et ses environnements génétiques ont également été étudiés. Toutes les souches portaient différents facteurs de virulence et toxines. Les relations phylogénétiques ont montré une grande variabilité entre les souches et de nouvelles combinaisons de gènes de ménage ont été repérées. Les résultats de la détection des bactériocines sont encore en cours.
CONCLUSION
En conclusion, l'analyse WGS permet de mieux comprendre les caractéristiques génomiques des bactéries et constitue un outil prometteur pour l'étude et une meilleure compréhension de l'agent pathogène aviaire C. perfringens. La production de composés antimicrobiens par C. perfringens offre également de nouvelles perspectives car elle n'a pas été envisagée dans les études précédentes.