110 - Déterminants cliniques et moléculaires de COVID-19 : recherches sur les données et échantillons de la BQC19

Session 1

• Communication orale 09 h 00
  Mot de bienvenue
  Simon Rousseau (Université McGill)
• Communication orale 09 h 05
  Du patient au laboratoire au patient: Génétique appliquée à la COVID-19
  Guillaume Butler-Laporte (Université McGill), Tomoko Nakanishi (Institut Lady Davis de recherches médicales), Brent Richards (Institut Lady Davis de recherches médicales), Sirui Zhou (Institut Lady Davis de recherches médicales)

  Qu’est-ce que les biobanques multi-omiques peuvent nous apprendre sur la COVID-19, et comment utiliser ces résultats pour mieux traiter nos patients? Nous présenterons comment l’approche multi-omique peut mener à la découverte de nouvelles thérapies, ou accélérer leur implémentation en utilisant l’exemple de la Biobanque Québécoise de la COVID-19 (BQC-19), une biobanque multi-omique provinciale prospective fondée au début de la pandémie et avec un suivi longitudinal de ses patients. Spécifiquement, nous démontrerons : i) comment les données génétiques des patients de la BQC-19 ont été utilisés pour trouver plus de 25 déterminants génétiques majeurs de la COVID-19 sévère, ii) comment des techniques bioinformatiques comme la randomisation Mendélienne et la protéomique ont pu identifier la protéine de l’OAS1 comme une cible pharmacologique dans le traitement de la COVID-19, et iii) comment la diversité génétique et la richesse des données de biobanques telles que la BQC-19 peuvent traduire ces résultats en thérapies concrètes pour nos patients.

• Communication orale 09 h 45
  Altérations immunitaires spécifiques au SARS-CoV-2 chez les patients hospitalisés
  Negar Farzam-kia (Université de Montréal, CRCHUM), Sai Priya Anand (CRCHUM, Université McGill), Nathalie Arbour (Université de Montréal, CRCHUM), Renaud Balthazard (Université de Montréal, CRCHUM), Guillaume Beaudoin-Bussières (CRCHUM, Université McGill), Mehdi Benlarbi (CRCHUM, Université McGill), Lyne Bourbonnière (CRCHUM), Marianne Boutin (CRCHUM, Université McGill), Nathalie Brassard (CRCHUM), Jean-François Cailhier (CRCHUM, Université de Montréal), Ana Carmena Moratalla (Université de Montréal, CRCHUM), Yves Carpentier Solorio (Université de Montréal, CRCHUM), Marc Charabati (Université de Montréal, CRCHUM), Michaël Chassé (CRCHUM, Université de Montréal), Nicolas Chomont (CRCHUM, Université McGill), Audrey Daigneault (CRCHUM), Jade Descôteaux-Dinelle (CRCHUM, Université McGill), Madeleine Durand (CRCHUM, Université de Montréal), Abdelali Filali-Mouhim (CRCHUM), Andrés Finzi (CRCHUM, Université McGill), Antoine Philippe Fournier (Université de Montréal, CRCHUM), Romain Gasser (CRCHUM, Université McGill), Elizabeth Gowing (Université de Montréal, CRCHUM), Guillaume Goyette (CRCHUM), Camille Grasmuck (Université de Montréal, CRCHUM), Victoria Hannah Mamane (Université de Montréal, CRCHUM), Hélène Jamann (Université de Montréal, CRCHUM), Daniel E. Kaufmann (CRCHUM, Université de Montréal), Boaz Lahav (CRCHUM), Catherine Larochelle (UdeM - Université de Montréal), Annemarie Laumaea (CRCHUM, Université McGill), Florent Lemaître (Université de Montréal, CRCHUM), Alexandre Prat (Université de Montréal, CRCHUM), Jérémie Prévost (CRCHUM, Université McGill), Jonathan Richard (CRCHUM, Université McGill), Rose-Marie Rébillard (Université de Montréal, CRCHUM), Olivier Tastet (CRCHUM), Karine Thai (Université de Montréal, CRCHUM)

  Afin de déterminer si les altérations immunologiques décrites chez les patients atteints de COVID-19 sont spécifiques au SARS-CoV-2, nous avons comparé en cytométrie en flux sur sang frais complet le profil immunitaire i) de patients hospitalisés pour la COVID-19, ii) de patients hospitalisés pour une autre condition aiguë (SARS-CoV-2 négatifs), et iii) de contrôles sains. Nous avons découvert que plusieurs des anomalies immunologiques décrites en COVID-19 sont associées à l'âge et à la sévérité de la maladie, mais sans être spécifique au SARS-CoV-2. Au contraire, certaines altérations immunologiques que nous avons identifiées étaient spécifiques à la COVID-19 et liées à la sévérité des symptômes, au devenir à 30 jours et à la mortalité chez les patients avec COVID-19. Ces travaux permettent de mieux comprendre la dysrégulation immunitaire associée spécifiquement au SARS-CoV-2 chez les patients hospitalisés, et pavent la voie pour identifier de nouveaux biomarqueurs et cibles thérapeutiques

• Communication orale 10 h 05
  Rôle des biomarqueurs sanguins pour améliorer la prise en charge des patients avec COVID-19
  Benoit Arsenault (Université Laval), Yohan Bossé (Université Laval), Andréanne Côté (Université Laval), Nancy Côté (Université Laval), Arnaud Droit (Université Laval), Sébastien Hecht (Université Laval), Mickael Leclerc (Université Laval), Philippe Pibarot (Université Laval), André Tchernof (Université Laval), Sébastien Thériault (Université Laval), François Tournoux (Université Laval)

  Le but de notre étude est de développer et valider des approches multi-biomarqueurs sanguins afin d’optimiser et personnaliser la prise en charge des patients hospitalisés pour COVID-19. L’événement primaire de l’étude est l’admission aux soins intensifs ou le décès hospitalier. L’étude a été conduite sur 1765 patients hospitalisées pour COVID-19 ayant participé à la Biobanque Québécoise COVID-19 (BQC-19). Le taux d’événement primaire est de 24.5% (433/1765). Nous avons utilisé 2 approches complémentaires: 1) Approche biomarqueurs candidats : Plus de 30 biomarqueurs sanguins déjà approuvés pour usage clinique sont en cours d’analyse dans les laboratoires Cirion au moyen de la plateforme Roche Diagnostics. 2) Approche non-ciblée de séquençage protéomique à haut débit: nous analysons les données de >5000 protéines circulantes qui ont été mesurées moyen de la plateforme SomaScan. Pour cette analyse, nous appliquons des outils d’intelligence artificielle (apprentissage machine supervisé) pour identifier les protéines qui sont associée à l’événement primaire. Les résultats préliminaires de l’approche non ciblée montrent que les 5 protéines ayant la plus forte association avec l’événement primaire sont : Anaphase promoting complex subunit 10; NADH dehydrogenase flavoprotein2 mitochondrial; Protein S100-A12; Epidermal growth factor receptor; et Tetranectin. Ces résultats permettront de renseigner le médecin traitant sur le risque d’évolution défavorable chez les patients COVID.

Session 3

• Communication orale 10 h 30
  Marqueurs métabolomiques d’obésité dans la BQC19
  Laurent Biertho (Université Laval), Ina Maltais-Payette (Université Laval), Philippe Pibarot (Université Laval), André Tchernof (Université Laval)

  Les symptômes associés à la COVID-19 sont extrêmement hétérogènes et plusieurs études ont tenté de trouver des biomarqueurs de la sévérité de cette maladie. L’un des groupes de molécule qui ressort le plus souvent dans cette littérature est les acides aminés circulants. Nos travaux antérieurs démontrent une association entre certains acides aminés plasmatiques et l’obésité, l’obésité viscérale ainsi que la santé cardiométabolique. Ces trois éléments étant considérés comme des facteurs de risque de la sévérité de la COVID-19, notre hypothèse est que les acides aminés sont des prédicteurs significatifs de résultats défavorables chez les patients affectés par cette maladie. Les résultats de nos analyses préliminaires effectuées dans la Biobanque Québécoise de la COVID-19 (BQC19) montrent que les concentrations circulantes d’acides aminés à chaîne ramifiée (leucine, isoleucine, valine) et de glutamate sont associées à l’indice de masse corporelle des patients et patientes et à la sévérité de leur infection.

• Communication orale 10 h 50
  Prédire la gravité et la mortalité dans le sepsis au Covid-19
  Erika Acton (University of British Columbia), Andy An (University of British Columbia), Arjun Baghela (University of British Columbia), Gabriella Cohen Freue (University of British Columbia), Jeff Gauthier (Université Laval), Robert E. W. Hancock (University of British Columbia), Amy H. Lee (Simon Fraser University), Roger Levesque (Université Laval), Claudia C. dos Santos (St Michael's Hospital University of Toronto)

  Les patients infectés par SARS-coV-2 (Covid-19) ayant des symptômes sévères présentent des pathologies septicémiques (sepsis), notamment le syndrome de détresse respiratoire aiguë et la défaillance multisystémique. Nous avons analysé le transcriptome du sang total de 135 patients (372 échantillons) atteints de la Covid-19 de la Biobanque Québécoise. Les patients présentaient une sévérité (ventilation mécanique nécessaire), intermédiaire (O2 par canule nasale) et modérée (légère/asymptomatique). L'expression génique différentielle (DEG) a été évaluée à l'aide d'ARN-Seq. Le DEG chez les patients atteints de la Covid-19 confirmé mimique ceux de la septicémie toutes causes confondues. Les signatures de l'endotype moléculaire et la pathologie de la septicémie (reprogrammation cellulaire, dysfonctionnement des organes et mortalité) étaient significativement dérégulées et prédictives chez les patients Covid-19. L'expression des gènes spécifiques à la Covid-19 ne s'est produite que le premier jour de l'admission aux soins intensifs et en une semaine, les patients infectés par la Covid-19 et toutes causes confondues étaient indiscernables dans le DEG. La mortalité était associée à une dérégulation persistante des gènes associée à un dysfonctionnement immunitaire. Ces résultats suggèrent un diagnostic préventif basé sur une signature de non-expression génique du système immunitaire due à la reprogrammation cellulaire (tolérance à l’endotoxine) et incapable de répondre au virus.

• Communication orale 11 h 10
  Point de vue des participants et des chercheurs sur les enjeux du suivi longitudinal de la BQC19
  Anne-Sophie Hautin (UQAC), Karine Tremblay (UdeS - Université de Sherbrooke)
• Communication orale 11 h 30
  Personnalisation des Approches de Réadaptation post-COVID (PARCOVID): Données préliminaires de l’étude de trajectoires de qualité de vie et de capacité fonctionnelle de la BQC-19
  G. Bravo (Université de Sherbrooke), Michael Chassé (CRCHUM, Université de Montréal), H. Corriveau (Université de Sherbrooke), M.-F. Dubois (Université de Sherbrooke), S. Décary (Université de Sherbrooke), D. Kairy (CRIR, Université de Montréal), G. Léonard (Université de Sherbrooke), K.V.R.S. Menezes (CRIR, Université de Montréal), Alain Piché (Université de Sherbrooke), Livia Pinheiro Carvalho (UdeS - Université de Sherbrooke), M. Tousignant (Université de Sherbrooke)

  L’affection post-COVID se caractérise par des symptômes nouvellement apparus ou qui persistent à la suite d’un épisode aigue par le SRAS-CoV-2.Au moins 30% des patients continuerait à présenter différents symptômes plusieurs mois après le début de l’infection.L´objectif est d’identifier les trajectoires de capacité fonctionnelle (échelle de fragilité clinique-EFC; échelle de sarcopénie-SARC-F) et qualité de vie (index EQ-5D-5L et score sur l’échelle visuelle-EQ-VAS) parmi des sous-groupes d’âge et de sévérité. Cette étude inclut les patients recrutés de 04/2020 à 12/2021; ≥18 ans; hospitalisé ou suivi en clinique externe. Des statistiques descriptives, ainsi que des comparaisons intra/inter sous-groupes, ont été réalisé. armi n=2736 COVID-19+ (55±19 ans), 1833 était âgée de 18-65 et 903 âgée de >65; 49%♂/51%♀; 1222 ont été hospitalisés (351 USI, ≈18 jours). L’EQ-5D-5L a démontré que, parmi les COVID+, des patients rapportant des problèmes modérés-a-très sévères étaient de : 18.5%(mobilité); 12.9%(soins personnels); 20.7%(accomplissement des activités usuelles), 17.8%(douleur/gêne); 16.3%(anxiété/dépression) et 23.2%(essoufflement). L’indice EQ5D5L était de 0.81±0.21 et l’EQ-VAS de 78±19. Le SARC-F démontre que 17.2% avaient un score≥4 (pauvre issue fonctionnelle) et 26.3% présentaient une fragilité modérée-à-très sévère (EFC). 1033(T1), 511(T3), 835(T6), 507(T12) et 158(T18) présentent des données valides permettant l’analyse de trajectoires 18m après l'infection initiale.
  

Pause dîner

Session 3

• Communication orale 13 h 00
  Endophénotypage non supervisé de patients positifs à la COVID-19
  Antoine Soulé (Université McGill)
• Communication orale 13 h 15
  Symptomatique de la Covid-19: Le microbiome comme outil prédictif?
  Luigi Bouchard (UQAC), William Bourumeau (UQAC - Université du Québec à Chicoutimi), William Bourumeau (UQAC), Catherine Girard (UQAC), Catherine Laprise (UQAC)

  Pour réduire la pression sur le système de santé, il est essentiel de pouvoir mieux cibler les personnes à risque de développer des formes sévères de la Covid-19. Une avenue qui pourrait permettre d’identifier ces individus à risque est l’étude du microbiome, i.e. de la communauté de microorganismes commensaux qui habitent nos voies respiratoires, en raison de son rôle dans la réponse immunitaire. Toutefois, les interactions entre le microbiome et la Covid-19 demeurent inconnues. L’objectif de cette étude est d’identifier des biomarqueurs microbiens de la sévérité de symptômes pour prédire qui sera plus à risque.Trois cents échantillons de dépistage par gargarisme du site local BQC19 Saguenay–Lac-Saint-Jean ont été obtenus, d’individus ayant différentes sévérités, desquels l’ADN bactérien a été extrait. Les gargarismes ont été sélectionnés puisque les évaluations préliminaires indiquaient un meilleur rendement pour cette matrice comparativement aux écouvillons.À partir de l’ADN isolé, le gène ADNr 16S a été séquencé par approche à haut débit, permettant l’identification des organismes du microbiome. Ces séquences seront analysées par approches bio-informatiques, afin de tracer les liens entre la richesse taxonomique, les patrons de diversité, les biomarqueurs bactériens et la sévérité des symptômes. Ces analyses devraient permettre d’établir un lien entre le microbiome respiratoire et l’étiologie de la Covid-19, pour l’identification des individus les plus vulnérables.

• Communication orale 13 h 30
  Mot de la fin
  Vincent Mooser (Université McGill)