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Des facteurs de stress endogènes et exogènes menacent continuellement l'intégrité du génome. Les cassures double brin de l'ADN sont particulièrement dangereuses et favorisent l'instabilité du génome, une caractéristique inhérente au cancer. Face à cela, la cellule déclenche la réponse aux dommages à l'ADN (DDR), qui comprend un réseau de protéines qui fonctionnent collectivement pour détecter, signaler et réparer la lésion. La DDR déploie un mécanisme majeur de remodelage du protéome à travers différentes modifications post-traductionnelles, dont l’ubiquitination. L'ubiquitination est médi…

L'organisation structurelle des chromosomes est une propriété fondamentale qui définit l'état fonctionnel des gènes et des génomes. L'ampleur des changements structurels subis par le génome des cellules humaines peut être considérable et s'étendre sur plusieurs ordres de grandeur. Au cœur de ces changements se trouve un groupe unique d'ATPases –les protéines SMC– qui agissent comme les principaux effecteurs de la morphologie des chromosomes dans les cellules. Les protéines Smc5/6 jouent un rôle essentiel dans le maintien de la stabilité du génome, mais leur mode d'action exact n'est pas en…

FOXK1 est un facteur de transcription ubiquitaire chez l’homme important pour la prolifération et le métabolisme cellulaire et retrouvé dérégulé dans certains cancers. Au niveau moléculaire, FOXK1 recrute sur la chromatine plusieurs complexes enzymatiques tel que le suppresseur de tumeur BAP1 ou le complexe répresseur de la transcription NCoR/SIN3A, mais comment FOXK1 coordonne leurs fonctions n’est pas connu. Nos travaux ont permis de mettre en évidence la modification de FOXK1 par O-GlcNAcylation. Cette modification post-traductionnelle, considérée comme un senseur métabolique, est catal…

Cette étude vise à évaluer les effets de la combinaison fluticasone/salmétérol (corticostéroïde/bronchodilatateur) sur la fonction et l’inflammation pulmonaire de chevaux atteints d'asthme sévère. Douze chevaux atteints d'asthme sévère en exacerbation ont été traités avec la combinaison fluticasone/salmétérol par inhalation ou avec du salmétérol nébulisé pendant 2 semaines. Les scores cliniques, le mucus trachéal, la fonction pulmonaire et la cytologie du lavage broncho-alvéolaire (LBA) ont été évalués pendant les périodes de rémission, exacerbation, de traitement et jusqu'à 3 se…

Nos cellules sont exposées à des stress génotoxiques qui peuvent mener à la création de lésions dans l’ADN. Dans les cellules saines, la plupart de ces dommages sont pris en charge par des voies canoniques de réparation telles que la recombinaison homologue (HR). Cependant, durant l’oncogenèse, certaines voies de réparation moins fidèles sont activées, ce qui augmente l’instabilité génomique et accélère la transformation des cellules cancéreuses. Plusieurs de ces voies alternatives sont médiées par la recombinase RAD52, une protéine qui n’est pas essentielle à la survie des cellules normal…

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui se traduit par l’ajout d’une ou plusieurs molécule(s) d’ubiquitine (Ub), ce qui permet de réguler la dégradation, les interactions protéines ou encore la localisation de la protéine ciblée. L’ubiquitine est produite à partir de 4 différents gènes qui possèdent tous la même séquence en acide aminé. Nous avons identifié un nouveau gène qui code pour une isoforme de l’ubiquitine qui possède 4 acides aminés différents (Q2K, K33E, Q49K et N60S), que nous avons ainsi…

Les récepteurs nucléaires sont des facteurs de transcription qui contrôlent un large éventail de processus biologiques et influencent de nombreuses maladies humaines. Par exemple, LRH-1 (ou NR5A2) est un récepteur nucléaire orphelin qui joue un rôle essentiel dans la fonction ovarienne et dans la progression des cancers du sein. LRH-1 semble s'associer à différents sites de liaison de la chromatine dans différents tissus, ce qui conduit à la régulation d'un programme d'expression génique distinct. Par exemple, chez l'adulte, LRH-1 est exprimé dans l'ovaire où il contrôle la biosynthèse des…

Les pesticides sont largement utilisés de nos jours et plusieurs de ces produits sont suspectés pour avoir des effets néfastes sur la santé. Une des réponses des cellules face à certains pesticides est l’activation de la voie du récepteur de la dioxine (AhR) qui a pour but de détoxifier celles-ci. Afin d’avoir une meilleure compréhension des effets des pesticides sur les mécanismes cellulaires, un séquençage à haut débit (mRNA-Seq) a été réalisée. Des cellules issues d’un cancer de la glande mammaire (MCF-7) ont été traitées avec trois différents pesticides soit le carbaryl, le linuron et …

La structure de la chromatine influence la capacité des cellules à répondre aux stress réplicatifs. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les histones H3 nouvellement synthétisées sont acétylée sur la lysine 56 (H3K56ac) et déposées derrière les fourches de réplication. Deux enzymes de la famille des histones déacétylases de classe III, les sirtuines Hst3 et Hst4, déacétylent ensuite ce résidu après la phase S. Les cellules dépourvues de Hst3 et Hst4 présentent une acétylation constitutive sur H3K56, ce qui provoque une extrême sensibilité au stress réplicatif via des mécanismes méconnu…

Le complexe TIP60 joue un rôle essentiel dans l’expression et la maintenance du génome, notamment via l’acétylation des histones H4 et H2A par sa sous-unité catalytique KAT5. Bien qu’il ait été montré que le chromodomaine de KAT5 soit essential chez la levure et lié à la réparation de l’ADN chez l’humain, la fonction précise de ce domaine ainsi que ses propriétés de liaison à la chromatine restent à éclaircir. Des études suggèrent que le chromodomaine de KAT5 se lierait à la marque H3K9me3 dans l’hétérochromatine pour activer ATM en réponse aux dommages à l’ADN. Nos essais à gran…

La protéine chaperone d’histone FACT, composée de Spt16 et Pob3, occupe les régions transcrites du génome de Saccharomyces cerevisiae où elle joue un rôle important dans le maintien de l’intégrité de la chromatine. Les mécanismes par lesquels FACT est recruté sur les régions transcrites demeurent quant à eux incertains. Les mécanismes proposés incluent i) l’encrage sur l’ARN polymérase II, ii) l’interaction avec divers facteurs d’élongation de la transcription, iii) la reconnaissance de modifications post-traductionnelles sur les histones et iv) la liaison à des nucléosomes partiellement d…

Le complexe TIP60 joue un rôle essentiel dans l’expression et la maintenance du génome, notamment via l’acétylation des histones H4 et H2A par sa sous-unité catalytique KAT5. Bien qu’il ait été montré que le chromodomaine de KAT5 soit essential chez la levure et lié à la réparation de l’ADN chez l’humain, la fonction précise de ce domaine ainsi que ses propriétés de liaison à la chromatine restent à éclaircir. Des études suggèrent que le chromodomaine de KAT5 se lierait à la marque H3K9me3 dans l’hétérochromatine pour activer ATM en réponse aux dommages à l’ADN. Nos essais à gran…

Introduction : La fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une maladie progressive pour laquelle il n’existe aucun traitement pharmacologique curatif. Les modèles d’étude actuels sont en général peu récapitulatifs de la physiopathologie humaine. Nos travaux visent à développer un modèle in vivo de FPI utilisant des cellules/tissus humains implantés sur la membrane chorio-allantoïdienne (CAM) d’embryons de poulets. Méthodologie : Des fragments de poumons ou de fibroblastes isolés de patients FPI sont implantés et cultivés sur la CAM pour 7 jours …

Les mécanismes contrôlant la régulation transcriptionnelle sont au cœur de l’étiologie de nombreuses maladies humaines. Plusieurs décennies de recherche ont permis de comprendre en profondeur comment les gènes sont régulés individuellement, mais de nouvelles évidences suggèrent que ces gènes sont interconnectés formant des réseaux dynamiques. Nous avons récemment proposé l'existence d’équilibres biochimiques à l’intérieur d’écosystèmes structurés pour expliquer la co-régulation transcriptionnelle des gènes. Nos résultats montrent que l'architecture chromosomique des domaines d'association …

Nos cellules mènent un combat perpétuel contre divers dommages à l’ADN, endogènes ou exogènes, étant source d’instabilité génétique. Les cellules mettent en place une défense des plus robustes, impliquant un réseau protéique finement régulé. Afin de permettre une coordination spatio-temporelle des divers facteurs protéiques impliqués dans la réponse à ces dommages il existe des modifications post traductionnelles (PTM) incluant la phosphorylation, l’acétylation et ubiquitination. L’ubiquitination est la résultante d’une modification chimique réversible consistant en l’ajout d’une ou plusie…

Lymphocyte development from hematopoietic stem cells (HSCs) is accompanied by a loss of self-renewal capacity and a progressive restriction of developmental potential. Although the molecular mechanisms for the generation of mature B- or T- lymphocytes are beginning to be revealed, a major unanswered question is how multipotent HSCs initiate commitment toward lymphoid fate. Our work indicates that specialized assemblies of ATP-dependent SWI/SNF chromatin remodeling complexes perform lineage-specific roles during hemopoiesis. Here we show that the Smarcd1 subunit is specifically required for…

La réponse aux cassures double-brin (CDB) requière la signalisation et la réparation des lésions d’ADN ainsi que l’arrêt simultané du cycle cellulaire. Les protéines HP1 (-α, -β et -γ) promeuvent ces processus clés de la réponse aux dommages à l’ADN. Cependant, comment les protéines HP1 sont régulées pour faciliter la réparation des CDBs reste inconnu. Grâce à la technique BioID, nous avons identifié la protéine POGZ comme étant un interacteur commun aux trois isoformes de HP1. De manière intéressante, la déplétion de POGZ dans plusieurs lignées cellulaires corrèle avec une persistance des…

Le suppresseur de tumeurs BAP1 est une déubiquitinase (DUB) qui régule les processus associés à la chromatine et est fréquemment muté dans diverses tumeurs malignes. BAP1 assemble des complexes DUB avec les régulateurs épigénétiques ASXL-1 et ASXL-2, de manière mutuellement exclusive. Ces cofacteurs sont nécessaires pour assurer la stabilité de BAP1 et stimuler son activité DUB. Cependant, la manière dont l'activité DUB de BAP1 est régulée reste largement inconnue. Récemment, l’équipe du Dr Affar a démontré que BAP1 favorise la monoubiquitination des ASXLs. Cette monoubiquitination permet …

Le locus des gènes ribosomaux (ADNr) est un excellent modèle pour étudier les processus à l’ADN dans la chromatine. Chez la levure il y a ~150 ADNr en tandem et leur activité compte pour plus de 50 % de la transcription totale des cellules en division. Cependant, seule une moitié des ADNr est transcrite et a une chromatine «ouverte», dépourvue de nucléosomes. L’autre moitié n’est pas transcrite et a une chromatine «fermée». Notre recherche vise à comprendre comment les dommages UV sont éliminés par la réparation par excision de nucléotides (NER), dans la chromatine. Une trentaine…

Notre ADN est la source de notre information génétique et doit être correctement répliqué afin de transmettre son information. Cependant, de nombreux facteurs endogènes et exogènes peuvent nuire à ce processus de réplication et si ces menaces ne sont pas correctement prises en charge, une instabilité génomique en découlera et pourrait mener à des mutations. Dans ce projet, nous nous focalisons sur un facteur qui nuit à la stabilité de notre ADN, le stress réplicatif (SR). Le SR comprend tous les phénomènes qui vont engendrer un ralentissement/blocage de la fourche de réplication…

Les dommages UV sont réparés par les 2 sous-voies de la NER : la réparation globale du génome (GGR), qui répare la majorité du génome, et la réparation couplée à la transcription (TCR), qui répare le brin transcrit des gènes. Nous étudions la NER à travers les multiples gènes de l’ARN ribosomal (ADNr). Seule une portion de ces gènes est transcrite par l’ARN polymérase-I (ARNPI), et dépourvue de nucléosomes, là où les ADNr non-transcrits sont recouverts de nucléosomes. Nous souhaitons comprendre les interactions entre les dommages UV, la NER et la chromatine. Précédemment, nous av…

Nicoletella semolina a été identifié chez des chevaux sains et avec une atteinte respiratoire. Les faibles prévalences rapportées pourraient être dues à sa croissance fastidieuse et sa ressemblance avec les autres Pasteurellaceae. Le but est de développer une méthode moléculaire permettant la détection de N. semolina et d'évaluer sa prévalence chez des chevaux sains et asthmatiques. L’hypothèse est que N. semolina est retrouvé en plus grande quantité chez les chevaux atteints d’asthme. Six chevaux sains et six atteints d’asthme sévère ont été é…

La Nucléophosmine (NPM1) est fréquemment mutée ou transloquée dans les leucémies myéloïdes aigües (LMA). NPM1 est nucléaire mais sa mutation récurrente NPMc+ induit un signal d’export nucléaire favorisant son accumulation cytoplasmique et son activité leucémogène. La translocation NPM-MLF1 mène aussi à une relocalisation cytoplasmique partielle. NPMc+ caractérise des LMA à bon pronostic tandis que NPM-MLF1 est un marqueur de mauvais pronostic. Notre hypothèse était donc que NPMc+ et NPM-MLF1 induisent la leucémie via différents mécanismes cellulaires. Puisque NPM-MLF1 est partiellement au …

Les cellules sont exposées à de nombreuses sources de dommages à l’ADN responsable de l’instabilité génomique. Ces dommages sont pris en charge par différentes voies de réparation faisant intervenir des facteurs essentiels dont la fonction est régulée par des modifications post-traductionnelles (MPT). Parmi ces MPTs, l’ubiquitination des protéines, médiées par des enzymes E3 ligase d’ubiquitine, est essentielle pour l’initiation et la modulation de la réponse. Parmi ces E3 ligase, RFWD3, joue un rôle important dans la réponse au stress réplicatif, dans l’induction de la recombinaison homol…

L'exposition aux rayons UVB conduit à la formation de dimères cyclobutyliques de pyrimidines (CPD), les dommages à l'ADN responsables des mutations trouvées dans les cancers de la peau. La mutagénicité des CPD vient du fait que leur réparation est lente. Il a été précédemment démontré qu'une pré-stimulation avec des agents génotoxiques améliore l'efficacité de réparation des CPD, indiquant que la réparation peut adapter son efficacité. Nous avons prétraité des fibroblastes et des kératinocytes immortalisés (HaCaT) avec des doses sublétales répétées d’UVB (chronic low-dose of UVB; CLUV) afi…