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La structure de la chromatine influence la capacité des cellules à répondre aux stress réplicatifs. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae, les histones H3 nouvellement synthétisées sont acétylée sur la lysine 56 (H3K56ac) et déposées derrière les fourches de réplication. Deux enzymes de la famille des histones déacétylases de classe III, les sirtuines Hst3 et Hst4, déacétylent ensuite ce résidu après la phase S. Les cellules dépourvues de Hst3 et Hst4 présentent une acétylation constitutive sur H3K56, ce qui provoque une extrême sensibilité au stress réplicatif via des mécanismes méconnu…

Le complexe TIP60 joue un rôle essentiel dans l’expression et la maintenance du génome, notamment via l’acétylation des histones H4 et H2A par sa sous-unité catalytique KAT5. Bien qu’il ait été montré que le chromodomaine de KAT5 soit essential chez la levure et lié à la réparation de l’ADN chez l’humain, la fonction précise de ce domaine ainsi que ses propriétés de liaison à la chromatine restent à éclaircir. Des études suggèrent que le chromodomaine de KAT5 se lierait à la marque H3K9me3 dans l’hétérochromatine pour activer ATM en réponse aux dommages à l’ADN. Nos essais à gran…

La protéine chaperone d’histone FACT, composée de Spt16 et Pob3, occupe les régions transcrites du génome de Saccharomyces cerevisiae où elle joue un rôle important dans le maintien de l’intégrité de la chromatine. Les mécanismes par lesquels FACT est recruté sur les régions transcrites demeurent quant à eux incertains. Les mécanismes proposés incluent i) l’encrage sur l’ARN polymérase II, ii) l’interaction avec divers facteurs d’élongation de la transcription, iii) la reconnaissance de modifications post-traductionnelles sur les histones et iv) la liaison à des nucléosomes partiellement d…

Le complexe TIP60 joue un rôle essentiel dans l’expression et la maintenance du génome, notamment via l’acétylation des histones H4 et H2A par sa sous-unité catalytique KAT5. Bien qu’il ait été montré que le chromodomaine de KAT5 soit essential chez la levure et lié à la réparation de l’ADN chez l’humain, la fonction précise de ce domaine ainsi que ses propriétés de liaison à la chromatine restent à éclaircir. Des études suggèrent que le chromodomaine de KAT5 se lierait à la marque H3K9me3 dans l’hétérochromatine pour activer ATM en réponse aux dommages à l’ADN. Nos essais à gran…

Introduction : La fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une maladie progressive pour laquelle il n’existe aucun traitement pharmacologique curatif. Les modèles d’étude actuels sont en général peu récapitulatifs de la physiopathologie humaine. Nos travaux visent à développer un modèle in vivo de FPI utilisant des cellules/tissus humains implantés sur la membrane chorio-allantoïdienne (CAM) d’embryons de poulets. Méthodologie : Des fragments de poumons ou de fibroblastes isolés de patients FPI sont implantés et cultivés sur la CAM pour 7 jours …

Les mécanismes contrôlant la régulation transcriptionnelle sont au cœur de l’étiologie de nombreuses maladies humaines. Plusieurs décennies de recherche ont permis de comprendre en profondeur comment les gènes sont régulés individuellement, mais de nouvelles évidences suggèrent que ces gènes sont interconnectés formant des réseaux dynamiques. Nous avons récemment proposé l'existence d’équilibres biochimiques à l’intérieur d’écosystèmes structurés pour expliquer la co-régulation transcriptionnelle des gènes. Nos résultats montrent que l'architecture chromosomique des domaines d'association …

Nos cellules mènent un combat perpétuel contre divers dommages à l’ADN, endogènes ou exogènes, étant source d’instabilité génétique. Les cellules mettent en place une défense des plus robustes, impliquant un réseau protéique finement régulé. Afin de permettre une coordination spatio-temporelle des divers facteurs protéiques impliqués dans la réponse à ces dommages il existe des modifications post traductionnelles (PTM) incluant la phosphorylation, l’acétylation et ubiquitination. L’ubiquitination est la résultante d’une modification chimique réversible consistant en l’ajout d’une ou plusie…

Lymphocyte development from hematopoietic stem cells (HSCs) is accompanied by a loss of self-renewal capacity and a progressive restriction of developmental potential. Although the molecular mechanisms for the generation of mature B- or T- lymphocytes are beginning to be revealed, a major unanswered question is how multipotent HSCs initiate commitment toward lymphoid fate. Our work indicates that specialized assemblies of ATP-dependent SWI/SNF chromatin remodeling complexes perform lineage-specific roles during hemopoiesis. Here we show that the Smarcd1 subunit is specifically required for…

La réponse aux cassures double-brin (CDB) requière la signalisation et la réparation des lésions d’ADN ainsi que l’arrêt simultané du cycle cellulaire. Les protéines HP1 (-α, -β et -γ) promeuvent ces processus clés de la réponse aux dommages à l’ADN. Cependant, comment les protéines HP1 sont régulées pour faciliter la réparation des CDBs reste inconnu. Grâce à la technique BioID, nous avons identifié la protéine POGZ comme étant un interacteur commun aux trois isoformes de HP1. De manière intéressante, la déplétion de POGZ dans plusieurs lignées cellulaires corrèle avec une persistance des…

Le suppresseur de tumeurs BAP1 est une déubiquitinase (DUB) qui régule les processus associés à la chromatine et est fréquemment muté dans diverses tumeurs malignes. BAP1 assemble des complexes DUB avec les régulateurs épigénétiques ASXL-1 et ASXL-2, de manière mutuellement exclusive. Ces cofacteurs sont nécessaires pour assurer la stabilité de BAP1 et stimuler son activité DUB. Cependant, la manière dont l'activité DUB de BAP1 est régulée reste largement inconnue. Récemment, l’équipe du Dr Affar a démontré que BAP1 favorise la monoubiquitination des ASXLs. Cette monoubiquitination permet …

Le locus des gènes ribosomaux (ADNr) est un excellent modèle pour étudier les processus à l’ADN dans la chromatine. Chez la levure il y a ~150 ADNr en tandem et leur activité compte pour plus de 50 % de la transcription totale des cellules en division. Cependant, seule une moitié des ADNr est transcrite et a une chromatine «ouverte», dépourvue de nucléosomes. L’autre moitié n’est pas transcrite et a une chromatine «fermée». Notre recherche vise à comprendre comment les dommages UV sont éliminés par la réparation par excision de nucléotides (NER), dans la chromatine. Une trentaine…

Notre ADN est la source de notre information génétique et doit être correctement répliqué afin de transmettre son information. Cependant, de nombreux facteurs endogènes et exogènes peuvent nuire à ce processus de réplication et si ces menaces ne sont pas correctement prises en charge, une instabilité génomique en découlera et pourrait mener à des mutations. Dans ce projet, nous nous focalisons sur un facteur qui nuit à la stabilité de notre ADN, le stress réplicatif (SR). Le SR comprend tous les phénomènes qui vont engendrer un ralentissement/blocage de la fourche de réplication…

Les dommages UV sont réparés par les 2 sous-voies de la NER : la réparation globale du génome (GGR), qui répare la majorité du génome, et la réparation couplée à la transcription (TCR), qui répare le brin transcrit des gènes. Nous étudions la NER à travers les multiples gènes de l’ARN ribosomal (ADNr). Seule une portion de ces gènes est transcrite par l’ARN polymérase-I (ARNPI), et dépourvue de nucléosomes, là où les ADNr non-transcrits sont recouverts de nucléosomes. Nous souhaitons comprendre les interactions entre les dommages UV, la NER et la chromatine. Précédemment, nous av…

Nicoletella semolina a été identifié chez des chevaux sains et avec une atteinte respiratoire. Les faibles prévalences rapportées pourraient être dues à sa croissance fastidieuse et sa ressemblance avec les autres Pasteurellaceae. Le but est de développer une méthode moléculaire permettant la détection de N. semolina et d'évaluer sa prévalence chez des chevaux sains et asthmatiques. L’hypothèse est que N. semolina est retrouvé en plus grande quantité chez les chevaux atteints d’asthme. Six chevaux sains et six atteints d’asthme sévère ont été é…

La Nucléophosmine (NPM1) est fréquemment mutée ou transloquée dans les leucémies myéloïdes aigües (LMA). NPM1 est nucléaire mais sa mutation récurrente NPMc+ induit un signal d’export nucléaire favorisant son accumulation cytoplasmique et son activité leucémogène. La translocation NPM-MLF1 mène aussi à une relocalisation cytoplasmique partielle. NPMc+ caractérise des LMA à bon pronostic tandis que NPM-MLF1 est un marqueur de mauvais pronostic. Notre hypothèse était donc que NPMc+ et NPM-MLF1 induisent la leucémie via différents mécanismes cellulaires. Puisque NPM-MLF1 est partiellement au …

Les cellules sont exposées à de nombreuses sources de dommages à l’ADN responsable de l’instabilité génomique. Ces dommages sont pris en charge par différentes voies de réparation faisant intervenir des facteurs essentiels dont la fonction est régulée par des modifications post-traductionnelles (MPT). Parmi ces MPTs, l’ubiquitination des protéines, médiées par des enzymes E3 ligase d’ubiquitine, est essentielle pour l’initiation et la modulation de la réponse. Parmi ces E3 ligase, RFWD3, joue un rôle important dans la réponse au stress réplicatif, dans l’induction de la recombinaison homol…

Les dommages UV sont réparés par les 2 sous-voies de la NER : la réparation globale du génome (GGR), qui répare la majorité du génome, et la réparation couplée à la transcription (TCR), qui répare le brin transcrit des gènes. Nous étudions la NER à travers les multiples gènes de l’ARN ribosomal (ADNr). Seule une portion de ces gènes est transcrite par l’ARN polymérase-I (ARNPI), et dépourvue de nucléosomes, là où les ADNr non-transcrits sont recouverts de nucléosomes. Nous souhaitons comprendre les interactions entre les dommages UV, la NER et la chromatine. Précédemment, nous av…

L'exposition aux rayons UVB conduit à la formation de dimères cyclobutyliques de pyrimidines (CPD), les dommages à l'ADN responsables des mutations trouvées dans les cancers de la peau. La mutagénicité des CPD vient du fait que leur réparation est lente. Il a été précédemment démontré qu'une pré-stimulation avec des agents génotoxiques améliore l'efficacité de réparation des CPD, indiquant que la réparation peut adapter son efficacité. Nous avons prétraité des fibroblastes et des kératinocytes immortalisés (HaCaT) avec des doses sublétales répétées d’UVB (chronic low-dose of UVB; CLUV) afi…

Le traitement du cancer de l’ovaire implique généralement une chimiothérapie avec des agents à base de platine tel que le cisplatin (CDDP). Bien que ces traitements soient initialement efficaces, les rechutes sont fréquentes et sont associées à l’acquisition par les cancers d’une résistance au CDDP par des mécanismes mal compris. Le CDDP cause des lésions dans l’ADN qui bloquent les polymérases réplicatives. Les fourches de réplication bloquées accumulent de l’ADN simple-brin (ssADN) qui est lié par le complexe RPA. Les défauts dans les mécanismes de réponse au stress réplicatif …

Les mégacaryocytes sont des cellules issues de l’hématopoïèse qui génèrent les plaquettes sanguines par fragmentation de leur cytoplasme. On les retrouve majoritairement dans la moelle osseuse. In vitro, les mégacaryocytes immatures se différencient sous l’effet d’un traitement à la thrombopoïétine pour atteindre un stade de différentiation final ressemblant à la sénescence. Durant ce processus de différentiation, les mégacaryocytes subissent l’endomitose ou les cellules dupliquent répétitivement leur ADN jusqu’à 64 N. Dans plusieurs contextes pathologiques comme le cancer, la réplication …

Le cancer du poumon est le cancer le plus mortel dans le monde avec environ 1,6 million de décès par année. La grande majorité des patients sont atteints de cancer du poumon non à petites cellules. De grandes avancées thérapeutiques ont été réalisées grâce à une plus grande compréhension de la physiopathologie permettant de cibler les patients ayant des mutations spécifiques particulièrement dans les gènes KRAS, ALK, ou EGFR. Malgré tout, la majorité de ces patients ne sont pas guéris à cause de mécanismes de résistance, de sorte que la survie des patients avancés est extrêmement faible, s…

Plusieurs études ont démontré que le complexe Tip60-p400 pouvait jouer un rôle dans la relation antagoniste entre H2A.Z et la méthylation de l’ADN. En effet, le complexeTip60-p400 serait associé préférentiellement à des régions contenant H2A.Z et protègerait ainsi ces régions de la méthylation de l’ADN en favorisant la dégradation d’enzymes qui méthylent l’ADN (Dnmt3B). Plusieurs études ont démontré qu’il y aurait une relation mutuellement exclusive entre la méthylation de l’ADN et le variant d’histone H2A.Z. Il pourrait donc y avoir l’existence d’un mécanisme de modification des marques é…

La stabilité du génome est nécessaire au maintien de l’information génétique afin d’éviter l’accumulation de mutation qui favorise le développement du cancer. Lorsqu’il y instabilité génomique, de l’ADN nucléaire peut être relâché dans le cytoplasme sous forme de micronoyaux, de fragments de chromatines ou d’ADN libre. Cet ADN cytoplasmique active le récepteur immunitaire cGAS qui initie une réponse inflammatoire. Cette réponse permet d’alerter l’hôte de la perte de l’intégrité cellulaire. Cette situation survient chez les cellules sénescentes, cancéreuses et chez les cellules avec un défa…

Introduction : La fibrose pulmonaire idiopathique (FPI) est une maladie fatale caractérisée par l’accumulation de fibroblastes dans l’interstice pulmonaire. Ces cellules participent activement au remodelage de la matrice extracellulaire (MEC), cependant les processus cellulaires impliqués sont peu connus. Chez les cellules invasives, l’invadosome consiste en une protrusion d’actine au niveau ventral de la cellule qui mène à une dégradation localisée de la MEC via la sécrétion de protéases. Nous émettons l’hypothèse que les fibroblastes FPI forment des invadosomes et que ce…

Les mutations pathogéniques dans PALB2 (Partner And Localizer of BRCA2) augmentent le risque de cancer du sein de 8 à 9 fois pour les femmes de 40 ans et de 3 à 4 fois au cours de leur vie. Avec l’avènement des tests génétiques en milieu clinique, un grand nombre d’altérations de séquences dans PALB2 ont été découvertes. L’analyse systématique des variations faux sens sur la fonction de PALB2 est complexe mais indispensable pour la compréhension des mécanismes fondamentaux et leur traitement en clinique avec les inhibiteurs de PARP. À l’aide d’une méthode systématique d’essais cellulaires …