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L’informatisation massive des données médicales ouvre de nouvelles possibilités d’amélioration des soins et de recherche biomédicale. Par exemple, la conception d’études prospectives et rétrospectives de grande échelle et le développement d’outils sophistiqués d’aide à la décision pour les professionnelles et professionnels de la santé. Cependant, l’implantation d’une telle plateforme se heurte à de multiples problématiques, comme l’hétérogénéité naturelle des données médicales. Les données sont difficilement interopérables puisqu’elles sont générées par des processus uniques à chaque étab…

Le don de plasma, tout comme le don de sang, est soumis à différentes restrictions. Ces critères visent à assurer la sécurité des produits sanguins pour le receveur. Puisque l’incidence et la prévalence du VIH sont plus élevées chez les hommes ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes (HARSAH), ces derniers sont proscrits du don, au Canada, pour une période de trois mois suivant leur dernière relation HARSAH. Héma-Québec travaille à assouplir ce critère, de manière sécuritaire, puisqu’il peut être considéré comme discriminatoire. On vise, dans un premier temps, le plasma récolté p…

La leucémie lymphoblastique aiguë (LLA) constitue près du tiers des cas de cancers pédiatriques enregistrés chaque année au Canada. Bien que les traitements actuels permettent d’atteindre un taux de survie de 5 ans de 90%, nous observons que plus de 65% des survivants développent des effets indésirables à long terme dont la dyslipidémie, l’hypertension et l’ostéoporose. Ces effets contribuent à la dégradation de l’état de santé de ces patients et peuvent même constituer un danger pour leurs vies. Notre projet consiste à mettre en place un modèle mathématique permettant la prédiction de ces…

Le risque est une entité omniprésente dans le domaine biomédical. Les références à des risques sont donc fréquentes dans les données médicales. Une caractérisation ontologique cohérente du risque s'avère alors nécessaire. En effet, des outils informatiques, les ontologies appliquées, permettent de structurer les données afin d'en faciliter l'échange entre différents systèmes d'information de les utiliser à des fins cliniques. Le risque est toutefois une entité dont le statut est paradoxal. En effet, il a à la fois un caractère objectif et subjectif : objectif car un risque existe indépenda…

Objectif de la recherche: Développer un outils interprétable pour la classifications automatique des lésions rénales à partir d’ images IRM. La calssification est effectuée selon la nature, maligne ou bénigne des tumeurs et selon leur sous-type et leur grade pour les tumeurs malignes. Problématique: Les réseaux de type ResNet 2D sont connu pour obtenir de bons résultats dans ce type de classification. L’extension d’un réseau de neurone de type ResNet 2D à un réseau de type ResNet 3D peut-elle améliorer la précision des classifications. Méthodologie: Un modèle de ResNet 3D a é…

Prédire efficacement la structure secondaire commune de séquences d’ARN homologues est cruciale pour comprendre les fonctions des ARN non codants, leur influence sur la santé humaine. Dans les dernières années, de nombreuses méthodes ont été développées pour prédire la structure secondaire de familles d’ARN. Il existe trois types d’approches. L’approche 1) « aligner-et-replier » consiste à calculer simultanément l’alignement et le repliement des ARN. L’approche 2) comporte les méthodes de type « aligner-puis-replier » ou « replier-puis-aligner » qui calculent l’alignement et le repliement …

L'analyse distribuée réfère à l'interrogation statistique de données pouvant se trouver à différents endroits physiques, requérant ainsi des processus de calculs et d'analyse indépendants. Cette classe de méthode est de plus en plus demandée, notamment en sciences biomédicales au Canada, où les dossiers de santé sont collectés dans les hôpitaux partagés au niveau provincial, mais où il est souvent difficile de rassembler ce type de données à l'échelle fédéral en une banque placée en un seul lieu physique, en raison de considérations éthiques liées à la confidentialité des données des patie…

Les trajectoires de soins (TS) sont constituées des séquences ordonnées d’évènements, dont les évènements pathologiques et les interactions entre patient et acteur du système de soins. À chaque évènement sont associés un ou plusieurs indicateurs temporels. L’analyse temporelle des TS est mise à contribution dans différentes tâches médicales (diagnostic, administration thérapeutique, protocole clinique, etc.). Les outils actuels de gestion de données offrent des fonctionnalités temporelles limitées. En particulier, l’expression des requêtes temporelles (RT) est souvent très complexe (ce qui…

La majorité des cyberattaques qui impliquent des organisations de santé ont pour conséquence le vol de données. Lors de l’enquête, les officiers ont de la difficulté à identifier les objets volés et à définir les stratégies de défense. Ces difficultés sont dues par la complexité des systèmes et au manque d’outil pour assurer la traçabilité. Afin d’appréhender ces difficultés, la stratégie de défense en profondeur est adoptée pour atténuer les menaces. Toutefois, les modèles existants ne couvrent pas l’ensemble du cycle de vie des données et les caractéristiques de sécurité a…

Dans le domaine de la santé, les systèmes d’information utilisent des terminologies différentes pour les mêmes concepts. Un serveur multi-terminologique(SMT) fournit une gamme de services permettant de définir et de mettre en correspondance plusieurs terminologies. De plus, un SMT doit faciliter l’utilisation des terminologies pour un grand nombre d’applications, échanger des données avec d’autres serveurs, mettre en relation des concepts, fournir des méthodes de recensement des terminologies utilisées par sources et exécuter des requêtes diverses. PARS3 est une plateforme d’accè…