Étude de la régulation post-transcriptionnelle non canonique de l’ABC-transporteur Opp chez Escherichia coli

Les bactéries dépendent des protéines transmembranaires afin d’échanger molécules et signaux avec l’espace extracellulaire. La composition protéique des membranes bactériennes doit être adaptée rapidement aux conditions environnementales afin d’assurer la survie des cellules.  Afin d’atteindre ce niveau de régulation fine, les bactéries ont développé un nombre impressionnant de mécanismes contrôlant la synthèse et l’assemblage de ces protéines. Parmi ceux-ci, les petits ARN régulateurs (sRNA) sont utilisés afin de réguler post-transcriptionnellement l’expression des protéines membranaires. Les sRNA sont des ARN non-codants régulant leurs ARNm cibles via des appariements ARN:ARN.  Chez Escherichia coli, le sRNA MicF est connu pour réguler quatre ARNm encodant des protéines membranaires. Cependant, considérant les nombreux stress induisant son expression, son targetome est étonnement restreint et son impact cellulaire encore peu défini. Grâce à une technique de capture d’ARN in vivo suivi de séquençage à haut-débit, nous avons pu dévoiler le targetome étendu de MicF et identifier l’ARNm oppA comme étant une cible positive. En plus de son rôle essentiel dans l’import des oligopeptides, la protéine OppA est un facteur de pathogénicité, ce qui en fait une cible de choix à étudier. Nos travaux démontrent que l’ARNm oppA est positivement régulé par MicF via un nouveau mécanisme de régulation non canonique impliquant deux régulateurs négatifs de oppA, le sRNA GcvB et la protéine Hfq.