Le microbiote intestinal - mieux connu sous le nom de flore intestinale - est estimé à plus de 100 mille milliards de bactéries, soit dix fois plus que nos propres cellules humaines. Il est de plus en plus reconnu comme un organe à part entière car il est un acteur important de la santé animale. Comme l’ensemble de nos organes, le microbiote intestinal est fonctionnellement dynamique et capable de s’adapter aux différents facteurs environnementaux de l’écosystème intestinal. Il est une barrière contre les infections, il aide au développement et à la maturation du système immunitaire et il contribue à l’extraction des nutriments et de l’énergie des aliments consommés.
Parmi les facteurs à la fois biotiques et abiotiques qui influent sur le microbiote, l’alimentation joue un rôle majeur et peut modifier directement ou indirectement l’environnement gastro-intestinal tout autant que les antibiotiques donnés pour traiter une infection bactérienne. Des déséquilibres au sein de cet écosystème fragile ont même été démontrés dans de nombreuses pathologies. La nutrition aurait donc un rôle important sur la réponse immunitaire face aux maladies infectieuses et sur la composition du microbiote. La perspective d’une maîtrise et d’une orientation de la flore intestinale vers une meilleure efficacité permettrait de mieux valoriser les ressources alimentaires mondiales et assurerait une meilleure rentabilité économique des systèmes d’élevage.