Développement d’une méthode pour analyser la composition spécifique de la chromatine de gènes endommagés par les rayons UV lors de leur réparation par excision de nucléotides

La réparation de l’ADN est essentielle au maintien de l’intégrité génétique. Le mécanisme de réparation par excision de nucléotides (NER) permet de supprimer entre-autres les dommages induits par les UV. In-vivo, l’ADN est associé à des protéines, ce qui forme une structure compacte appelée chromatine. En conséquence la NER doit détecter et réparer les dommages dans la chromatine. On soupçonne, mais il n’a jamais été démontré, l’existence de « facteurs » qui aideraient la NER dans ce processus. L’objectif du projet est d’identifier et de caractériser ces « facteurs ». Pour cela nous employons les gènes répétés des ARN ribosomaux (ADNr) de la levure, comme modèle pour étudier simultanément deux populations de chromatine : l’une, relâchée, permet l’accès à l’ADN tandis que l’autre, condensée, le restreint. Pour la méthode utilisée, des levures ont été modifiées afin de permettre l’excision des ADNr hors du chromosome. Après purification, la composition protéique des ADNr excisés est analysée par spectrométrie de masse. La chromatine est isolée dans différentes conditions de salinité. L’analyse préliminaire, sur des cellules non-irradiées, a montré que les protéines caractéristiques des ADNr sont présentes et que la salinité des solutions de purification influence les résultats. Ainsi la méthode est validée, et peut être appliquée à des cellules irradiées aux UV. Cette étude contribuera significativement à une meilleure caractérisation du mécanisme de la NER dans la chromatine.